У червні 1998 року ФБУ була зареєстрована Міністерством юстиції України і внесена до єдиного державного реєстру підприємств та організацій України, а у березні 1999 року наказом Держкомспорту їй надано статус національної спортивної федерації. Держкомспорт та ФБУ підписали договір, яким, у зв'язку з наданням Федерації статусу національної, їй делеговані повноваження з розвитку баскетболу в Україні, виключне право його представництва у ФІБА та на міжнародних змаганнях з баскетболу, а також право на організацію та проведення міжнародних і загальноукраїнських змагань. На позачерговій Конференції ФБУ у грудні 1998 року була затверджена нова редакція Статуту федерації. Під час підготовки до реєстрації у Мінюсті України у склад ФБУ були прийняті 14 федерацій, які представляють області, міста та Автономну Республіку Крим.